变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis，DGGE)技术利用了由碱基序列所决定的DNA片段溶解度（或称变性度）的差异，这种差异导致了电泳分离中泳动率的变异，从而达到分离野生型和突变型片段的目的。该技术可达到单碱基的分辨率。如果突变直接影响到双链间的亲和力（如碱基转换），这种纯合双链与野生型双链相比，将因溶解度的变化得到检测。如果突变双链的亲和力变化不足够突出( A→T类颠换)，则以野生型和突变型序列的混合退火或共同PCR而形成异质DNA双链(heteroduplex)，利用错配位点形成的构象变异所产生的去稳态效应达到分离的目的。异质条带总是滞后于柏应的纯合条带。DGGE技术检测片段大于500bp，长度上优于其他方法，几乎可达100%的有效检测率，无需放射标记，是一种快速易行、最适于常规筛查小片段的突变检测方法。现阶段，存在三种类型的变性梯度凝胶电泳用于DNA突变检测。第一种为垂直DGGE（浓度梯度方向垂直于电泳方向），主要甩于选择最佳的变性剂浓度；第二种为平行DGGE，该种凝胶的变性剂浓度范围较小，复于更好地分离目的片段；第三种为最佳恒定变性剂浓度凝胶，便于健亿条啤复突变差异显著化。如果引物选择审慎，可用DGGE分析技术在同一块凝胶上分离多重PCR产物。
 

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