STR基因座由于串联重复序列只有2-7bp，等位基因片段比较小，等位基因数目相对有限，较容易扩增，各基因座之间扩增条件基本相似；片段长度范围小，因此几个不同的基因座可以安排在同一反应管中进行扩增，这种把二个或二个以上的基因座放在同一个反应管中同时扩增，叫复合扩增。单个STR基因座扩增等位基因数少，信息量有限，实际案件鉴定常须联合检测8-12个基因座，才能达到类似DNA指纹的同一认定水平；多个STR基因座复合扩增，明显提高了单次检测信息量，一次检测可以达到个人同一认定，但灵敏度比单基因座扩增低。例如四基因座复合扩增体系，其灵敏度为100pgDNA，低于100pg基因组DNA复合扩增时会出现一些等位基因丢失现象。