MassArray即飞行时间质谱生物芯片系统，由专业生产生物芯片系统用于遗传突变及SNP领域研究的美国Sequenom公司开发，是目前唯一采用质谱法直接检测SNP的设备。
      MassArray系统已用于在不同人种中寻找特异性的SNP，即HapMap计划。该系统的突出特点是能以极高的精确度快速进行基因型识别，直接测出带有SNP或其他突变的目标DNA。MassArray系统反应体系为非杂交依赖性，不存在潜在的杂交错配干扰，不需要各种标记物，其采用的高密度SpectroCHIP点阵芯片分析系统能在4h之内完成多达3840个多重性鉴定，每个检测点只需3～5s，全自动分析。这套系统及时提供了大规模、高能量检测SNP的技术平台，顺应了当前医学疾病基因组疾病机制研究迅猛发展的趋势。
      MassArray系统的基本原理为基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MAL-DI-TOF MS)技术，主要特点是PCR犷增后的产物，加入SNP序列特异延伸引物，在SNP位点上延伸一个碱基，然后将制备的样品分析物与芯片基质共结晶，将该晶体放入质谱仪的真空管，再用瞬时纳秒强激光激发，由于基质分子经辐射所吸收的能量，导致能量蓄积并迅速产热，从而使基质晶体升华，核酸分子就会解吸附并转变为亚稳态离子，产生的离子多为单电荷离子，这些单电荷离子在加速电场中获得相同的动能，进而在一非电场漂移区内按照其质荷比加以分离，在真空小管中飞行到达检测器。MALDI产生的离子常用飞行时间(time-of-flight， TOF)检测器来检测，离子质量越小，就越快到达。理论上讲，只要飞行管的长度足够，TOF检测器可检测分子的质量数是没有上限的。MASSARRAY SNP检测的质谱范围为5000～8500Da。引物设计应用Sequenom公司为SNP基因分型开发的软件MassARRAY Assay Design 3.0，多重PCR最高可选择28重。PCR引物大小为上下游各30bp左右，PCR引物5 7端各带lobp的标签，产物片段为loobp左右，延伸引物大小为17～28bp。PCR扩增应用384孔反应板、5弘l反应体系，每组PCR反应只需HotstarTaq O，llul、基因组DNA 5～lOng。
 

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