4．侵入切割：针对特定结构的切割酶能够切割部分重叠的寡核苷酸探针杂交形成的复合物。侵入切割(invasive cleavage)反应中需要使用两条分别对应于野生型和突变型的寡核苷酸探针和一条位于上游的侵入探针。设计探针时将多态性位点置于重叠处，正确的重叠结构仅在侵入探针和完全匹配的等位基因特异性探针间形成，而非单碱基错配的探针。切割产物用于产生信号的次级反应中。此信号放大步骤帮助捉高标记切割产物的量不经靶序列扩增即可实现检测。此方法的优点在于等温反应和无需PCR扩增即可分型，但尚存一些技术问题有待解决：①反应需大量基因组DNA;②需要高纯度的特异性探针才可忽略非特异性反应；③因为在相同条件下连续反应，而且SNP序列固定，所以探针设计较复杂。