早期的序列变异检测采用分子克隆和分子杂交技术，操作十分繁琐。自PCR技术建立后，序列分析技术有了长足的进步，以PCR为基础衍生出多种有效的序列分析方法。目前的DNA序列多态性检测方法主要有以下几种：
     (1) DNA摩列测定技术(DNA sequencing)；
      (2)特异性寡核苷酸探针杂交技术(PCR - ASO)；
      (3)限制性片段长度多态性分析技术 (PCR - RFIP)； 
      (4)序列特异性引物扩增技术(PCR - SSP)；
      (5)单链构象多态性分析 ( PCR - SSCP)；
      其他还有随机引物扩增技术(PCR - RAPD)，小卫星变异重复单位多态性分析( PCR - MVR)等。在上述序列多态性分析技术中，以序列测定和PCR - ASO分析较常用。常应根据所要检测的靶DNA特性选择有效的方法，例如对已知突变碱基序列的DNA片段分析，多采用PCR - ASO、PCR - RFLP、PCR - SSCP、PCR - SSP等分析方法，这类方法比较经济实用。如果对某DNA靶片段中随机发生的或多个碱基的变异，则需采用DNA片段序 列测定。20世纪90年代后，以PCR为基础的测序方法已日趋成熟和完善，成为常规技术。测序分析获得的信息量大，在法医物证鉴定中有较高的实用价值。相比之下，PCR - ASO探针杂交技术效果肯定，可以区分相差1个碱基的等位基因，基础设备要求不高，操作相对简单。DNA序列多态性分型在法医学鉴定中比较成功的例子有mtDNA分型，HIA – DQA基因座，多标记系统（PM系统），某些血型系统如ABO基因座分型等。

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