单碱基延伸技术在SNP的检测中已得到了广泛应用。Gonzalgo和Jones (1997)首次将此技术应用于特定CpG位点甲基化状态的定量检测。甲基化敏感的单核苷酸引物延伸法(methylation-sensitive single nucleotide primer extension，MS-SNuPE)的基本原理是基于重亚硫酸盐对未甲基化的胞嘧啶的化学修饰。模板DNA经重亚硫酸盐转化后，在特定的CpG位点将人为形成一个新的 “SNP”，即[^mC/U]。针对该位点设计PCR引物和一条3′端紧邻该位点的单碱基延伸引物。常规PCR反应结束后，去除PCR引物及过量的dNTP，加入单碱基延伸引物及放射性同位素或荧光标记的ddCTP/ddTTP或ddGTP/ddATP，最终两种碱基放射性同位素或荧光强度的比值即指示了该位点的甲基化程度。由于该技术在SNP的检测中已成功开发出了类似SNPsteam这样的高通量自动化检测平台，因而该技术有望在法医学检测中得到广泛应用。另有一些学者采用反相高效液相色谱技术(EI-Maarri et a1．，2002)或基质辅助激光解离质谱分析技术 (Tost et al.，2003)对MS-SNuPE产物进行检测，可实现特定CpG位点甲基化程度的精确定量。由于该方法所需模板DNA量较少，有可能应用类似石蜡包埋组织等可能存在降解的基因组DNA的检测。该方法的不利之处在于，经重亚硫酸盐转化后，PCR引物及单碱基延伸引物的设计相对复杂，尤其是在对多个位 点同时进行检测时。