甲基化特异性PCR (methylation-specific PCR，MSP)乜是一种基于重亚硫酸酸盐转化的检测方法，类似于SNP检测方法中的等位基因特异性PCR，由Herman等(1996)所创立。与Methylight方法不同的是，前者对[^mC/U]的检测采用的是特异性探针，而在MSP中，设计的是针对[^mC/U]的特异性引物。每一样品进行两个PCR反应，一套引物对宜于甲基化DNA经重亚硫酸盐转化后的序列，另一套引物对应于未甲基化DNA经重亚硫酸盐转化后的序列。PCR产物经常规琼脂糖凝胶或非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳即可对结果进行判断。也可采用公用探针以提供检测信号。事实上，为了保证MSP的特异性，MSP的引物设计要保证在引物结合区域至少包含两个潜在的CpG位点，且其中一个要位于或接近引物的3 7端。Wang等(2006)借助于基因表达系列分析技术(Serial analysis of gene expression，SAGE)的高通量，联合MSP创建了一种DNA甲基化的定量分析方法( MSP-SAGE)，该方法在5%～100%甲基化范围内具有良好的线性关系。Kristensen等(2008)对基于MSP的DNA甲基化定量检测方法进行了改良。他们将MSP与高分辨溶解曲线分析联合应用，避免了定量检测过程中对荧光探针的使用，简化了MSP反应体系设计，该方法被称之为SMART-MSP。该方法与MethyLight的检测结果具有很好的一致性，可在0.1%～100%范围内对DNA甲基化程度进行精确定量，并具有较高通量。