PCR直接测定序列根据Sanger的双脱氧末端终止法原理，具体的分析方法种类有多种，但大体上的步骤基本一致，包括DNA提取、扩增、测序模板的纯化以及测序反应等等，不同的是标记物及显示序列测定结果的方法。
      直接测序法采用的标记物有二类。一是经典的测序法采用的放射性同位素，测序图谱用放射自显影显带。另一种是荧光染料，是较新的标记技术，荧光染料受激光激发，释出特定波长的光谱，依靠自动测序仪检测并记录靶DNA序列。直接测序还可以采用银染法，无须标记物，双脱氧核苷酸终止链DNA片段经过电泳分离后直接用银染显带、判读序列。在上述方法中，同位素标记法灵敏度比较高，但有放射性污染。因为标记物32 P半衰期短、操作复杂、检验周期长，实际应用受到一定限制；银染色方法灵敏度有限，搡作精度要求高，难度较大，不易掌握。荧光染料标记直接测序技术依靠专门的序列测定仪器，自动化程度高，分析结果准确，避免了操作过程中人为因素的影响，检测灵敏度接近同位素标记水平。目前，全自动测序仪进行基因序列分析已是一种常规技术，也是法医学DNA序列多态性分析的主要技术手段。
 

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