QIAGEN法和IQ法在蛋白酶K消化法的基础上均增加了用硅基质作为材料的DNA纯化步骤，因此均可以获得纯度较高的模板DNA，但对于甲醛固定石蜡包埋组织来说，二者的回收率有差别，QIAGEN法采用的是硅胶膜层析过滤技术，可以去除部分降解形成的寡核苷酸碎片，DNA大片段“有效”模板的回收率相对较高；IQ法采用硅珠吸附洗脱技术，获得的DNA量与所用磁珠的数量和吸附力有关，而体系中一定量的硅珠优先吸附含量丰富的小片段DNA，故在样品负载大的情况下有效，即使加大硅珠用量，DNA大片段“有效”模板的回收率也并不能显著提高。Chelex-100法是一种由聚乙烯乙二烯苯组成的螯合基团，能螯合福尔马林固定石蜡包埋( FFPE)组织在高温裂解后释放的内源性二价金属离子，如Mg2+上、Ca2+等，从而阻止其在高温下断裂DNA的作用，该法简单廉价，一管到底，一步完成，能有效地降低福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织模板DNA的损失和外源性污染的发生，俚因所提取DNA模板的纯度不高，并不能明显改善PCR扩增效果。