甲醛固定和石蜡包埋组织中的DNA因受甲醛作用脆性增加，受机械剪切力作用后容易发生断裂。因此，提取DNA过程中，应尽量减少提取过程中的操作步骤，减少对DNA分子的额外损伤。此外，甲醛固定和石蜡包埋组织提取的DNA中存在着一些不能通过蛋白酶K消化和有机萃取法去除的PCR反应抑制因子，如某些染色剂小分子对DNA聚合酶的抑制，以及DNA严重降解后出现的大量寡核苷酸碎片可竞争性结合PCR反应体系中的Mg2+，降低Mg2上的有效浓度，从而降低Taq酶的活性，同时还可干扰引物与模板的结合而降低PCR扩增效率。这种抑制剂作用随检材量的增加，其抑制效果越加明显。因此，对于甲醛固定和石蜡包埋组织及病理切片DNA的提取，以及对DNA模板的进一步纯化相当必要。目前比较有效的提取方法是以硅基质作为提取纯化DNA的材料的QIAGEN法和IQ法，以及比较廉价简便的Chelex-100法。