自由组合律（law of independent assortment）也称为孟德尔第二定律。其要点是决定不同性状的基因相对独立，在形成配子的过程中，不同基因座上不同对的基因可随机组合分别进入不同的雌配子或雄配子中。该定律揭示了两个及两个以上不连锁基因座上基因间的遗传规律。

    孟德尔自由组合律在MN血型和红细胞酶型EAP的表现

    图中M和N是MN血型的等位基因；A和B是红细胞酶型EAP的等位基因。MA，MB，NA，NA是MN血型和红细胞酶型EAP的基因在配子中的组合。MMAA，MMAB，MMBB，NNAA，NNAB，NNBB，MNAA，MNBB，NNBB是子代MN血型和红细胞酶型EAP的基因型。

    自由组合律是计算法医遗传标记累积鉴别机率的理论依据。法医遗传标记多数存在于不同染色体上；或在同一染色体上但距离较远，可以独立分离。这就决定了某一遗传标记与另一遗传标记无关，都是彼此独立遗传的。不论进行个人识别或亲子鉴定，多个遗传标记累积鉴别机率的计算只有使用独立遗传的表型频率或基因频率才有效。

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