1996年在柏林召开了第一届Y-STR分型学术会议，统-了Y-STR的命名原则，建议用核心序列重复数命名STR等位基因，用小数点后的数表示不完整核心序列的碱基对数。随着Y-STR研究和应用的迅速发展，ISFG于2001年公布了关于Y-STR的最新应用指导建议(Gill et a1．，2001)。目前有两种基本格武，一是用“DYS***”表示，“D”代表DNA，“Y”代表Y染色体，“S”代表单一序列(single sequence)，“**-x”为STR的顺序号，如“DYS390”、“DYS389I／Ⅱ”等；二是用“Y-核心重复序列”表示，核心重复序列相同时附加顺序号，如 “Y-GATA-A10”、“YCAI/II/III”等。ISFG同时指出，对于已经广泛采用的基因座，则继续采用已有的名称，而对于新发现的基因座，建议采用“DYS***”系统命名。等位基因根据具有个体差异的包括简单或复杂序列结构在内的完全重复次数命名，小数点后的数表示不完整核心序列的碱基对数。