如前所述，mtDNA异质性给结果解释带来了困扰，因此要将mtDNA的序列分析真正地应用于法医学实际检案中，要了解群体中异质性的分布情况，熟悉各种异质性出现的概率和相应位置，这就要求对群体进行异质性调查，建立相应的异质性数据库，从而为线粒体DNA在法医学上的应用提供有效保证。目前，国内外学者已经花费大量精力从全世界不同群体的成千上万母系无关个体收集可靠信息，数据库中含有高质量的信息时很重要的，可以对随即匹配概率做可靠的估计。
Rohl等（2001）建立的一个数据库中收集了14138个个体的mtDNA HV I 和 HV II 序列信息，这个信息从2001年1月之前的103本mtDNA出版物、2000年和2001年发表的13本数据手册与两本未发表的数据手册中整理出来的。数据库工作人员联系最早出版物的作者以核实序列并改正其中的错误，协调命名，减少重复，但并不是每个问题都能解决。116本出版物中有90本需要做一些改变来更正错误或调整命名，说明了在编辑mtDNA数据库时，保证序列的正确性是一个相当大的挑战。FBI也建立了mtDNA群体数据库，即CODISmt，其目的是能够得到确切的可信频率估计。
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